南京市第十三中学坐落于六朝文化古都之中心地带，位于玄武湖畔、鼓楼东侧、北极阁麓、台城脚下，毗邻南京市政府、东南大学、鸡鸣古寺。作为南京市十佳景观校园，环境优美，校园典雅，绿树成荫，四季飘香，办学设施一流，教学设备先进、功能配套齐全，有着深厚的文化积淀和浓郁的人文气息，是一个名符其实的读书的好地方。
学校建于1955年，是南京解放后党和人民政府创办的第一所完全中学。1959年被确定为南京市六所重点中学之一，1960年在江苏省委批转的省教育厅党组《关于集中力量办好一批重点学校提高教育质量的报告》的文件中定为省重点学校，1996年被江苏省教委再次确认为省级重点中学，2000年以当年全省总分第一的考核成绩被江苏省教育厅确定为国家级示范性高中，2004年被江苏省教育厅转评为江苏省四星级学校。
学校始终秉承"以学生为中心，提升师生的生命质量"的办学理念，将"得天下英才而育之"作为自己的使命和责任，不断传承和弘扬优良文化传统，崇尚科学与人文精神，高质量立校，宽视野办学，形成了以校训"志远行近"和校风"务实求高"为核心的十三中精神。
学校被评为全国青少年思想工作先进集体、全国贯彻体卫工作条例优秀学校、中国体育优秀实验学校、全国体育传统学校先进集体、江苏省文明单位、江苏省绿色学校、南京市教育发展先进单位等。
学校辉煌的办学业绩，源于一支敬业乐业的师资队伍的强有力支撑。我校教师素以"勇于担当，勤于超越，乐于奉献"的工作精神和业绩享誉市内外，其特有的进取意识、敬业品格、踏实作风诠释了优秀教师团队的师德师能。目前学校高中部教职员工170人，其中在职特级教师6人，教授级高级教师5人，高级教师69人；市"陶行知奖"1人，市学科带头人13人，市优秀青年教师18人，市学科中心组成员24人；区学科带头人27人，区优秀青年教师41人；具有硕士学位97人，博士2人，出国研修72人；省市级以上教学大赛一等奖20余人。学校现有普通高中36个班、国际高中6个班，聘用专职外籍教师12人担任外教工作。教师们牢固树立"问题即课题"、"教学即研究"的思想，坚持"两把工程"（把我们的行动拿出来研究，把研究的成果付诸于行动），形成了独特的教学风格，成为兼具学科教学理论与实践的行家里手。
学校文化的核心价值观呈现了"内图个性之发展，外图贡献于其群"的特征，为此学校把学生的健康成长与进步奉为办学的真标准，在管理、教学与课程上追求学生的和谐发展，形成了独有的教育特色和优势。
学校的管理特色，在于坚持目标引领，倡导勤奋求实，教会自主学习，形成优良习惯。目标引领，在于仰望理想的天空，心中有追求；勤奋求实，在于踏实走好人生的每一步，坚持不懈；自主学习，在于追求"学会"到"会学"，增添发展的后劲；优良习惯，在于有意志、有方法、有提升。管理重在强调严格要求与积极服务相结合，让学校管理更加高效；传授知识与激发潜能相结合，让教师育人更加科学；当下功利与长远利益相结合，让学生成长更加自主。全面引导激励学生勇于担当和发展领导力，具备"精英意识，平民情怀"，牢固树立优秀意识，形成优秀习惯，培育优秀品质。
学校的教学特色，在于以培养基础宽厚、全面发展的学生为基本目标，有效融合国内外先进经验，积极探索优秀人才的培养规律和模式，全方位进行学校课程综合改革，坚持精致管理和有效教学，具体落实在动力值、方法值、数量值、意义值上，真正实现课堂让学生学习增值，全面推进多样化、特色化学校建设。
学校的课程特色，在于建设"大树课程"体系，全体教师奉行"课程惠泽每一个学生的幸福成长"的理念并付诸于实践之中：一是以语文为代表的"省内领先、国家水平"省级学科课程基地建设，二是以外语、、历史、地理为代表的"人文见长、视野宽广"的学科特长，三是以数学为代表的"理性思维"的培育路径，四是以物理、化学、生物为代表"科学探究、实践创新"的科技基地优势，五是以音乐、美术为代表的艺术修养课程，六是以信息技术、通用技术为代表的新技术素养的实践，七是以体育为代表的"健康理念、阳光锻炼"的领先全省的课程体验，八是多元化的社会综合实践活动丰富了学生的学习生活、拓展了学生的认知眼界、锤炼了学生的意志品质。通过改变学生的学习方式，影响学生的校园生活，进而关照他们的日常生活，把学科关怀与成长更有效地带给每一个学生。
学校以"广博的大爱关心和培育每一位学生健康成长"的教育精神，为社会各行各业培育了大批优秀人才，让学校声誉广传。学校重视优化学生的人文素养与综合素质，促进学生个性与学习力的和谐发展，"有效教学"得到全面落实，教育质量稳步提高，十三中学子所表现出来的"素质全面、个性突出、人文见长"的精神面貌特别明显。近十年以来，高考以高推进率、高层次发展稳居市第一方阵，连续九年获得南京市"办学绩效发展性评估综合奖、教学质量优秀奖、高中综合管理奖"等；学科竞赛以每年三百多人次在省级以上奥林匹克学科竞赛、英语大赛、机器人大赛、作文大赛、社团活动、"模联"等大赛中获奖；尤其是涌现出吴婧《伤心儿女》、蒋昕捷《赤兔之死》、林子青《蜕》、姜寥晨《园林。人生》等多篇高考满分作文，全国少年作家、南京市十大杰出青年刘冬阳，张抒、曹文君等少年作家群体，大唐文学社成为中华少年写作园等，让我们体验着校园里洋溢的书卷氛围，"在大树下读书"成为南京市标杆性读书活动。
全国基础教育课程改革经验交流会在南京召开，我校作为两个中学分会场之一；在江苏省首届基础教育教学成果奖评比中，我校是获得特等奖的29个学校之一；在江苏省基础教育课程基地建设中，我校成为首批31个省级基地实验学校之一；作为江苏省普通中学田径主席学校，我校田径队代表江苏省参加全国第十一届中学生运动会获田径金牌与总分全国第一；6次蝉联江苏省体育舞蹈锦标赛团体总分第一名……基础教育司司长朱慕菊同志在我校考察时给予了"想在深处，站在高处，做在细处，落在实处"的高度评价。
学校与加拿大多伦多国际学院于2005年联合创立"南京中加邦德国际学校"（江苏省教育厅办学批文号为苏教外［2004］65号；加拿大注册号为879482），实施国际课程，颁发中外"双文凭"，毕业生100%升入国外著名高校，在立足"本土情怀、国际视野"的国际办学实践中形成了优质品牌的育人路径。学校已与美国、加拿大、英国、澳大利亚、日本、新加坡、韩国等国的名校建立了联谊关系，每年有100多名学生出国修学，开阔了视野，拓展了新的学习空间。
南京十三中教育集团由十三中高中部、邦德国际学校、玄武高级中学、科利华中学、红山校区、锁金分校、紫东实验学校等组成，在校师生一万余人。在"资源共享、彰显特色、携手前进、共同发展"的办学理念下，十三中集团校以"创优质发展之举，领改革创新之先，示素质教育之范，圆师生成长之梦"为共同目标，着力于"精心打造南京市教育卓越发展集团学校"的美好愿景，决心以理性抓住"历史机会"，以智慧破解"现实问题"，在适应社会转型、教育自觉转轨、学校主动转变的道路上，再创学校发展新优势，追寻教育发展"不一样的精彩"，办成学生向往、家长满意、教师幸福、社会认可的全国一流品牌名校。