1．动力问题。这是一个受环境因素主导的问题，主要是基于现实的考试评价机制的制约。
有什么样的评价标准就有什么样的现实选择，尤其是在目前这个日趋功利的社会。本来，考试评价制度作为课程改革一个不可或缺的重要组成部分，应该与新课程改革的步伐相适应，两者甚至需要保持同步进行，可现在的情况是严重滞后。致使广大教师对改革充满顾虑。
尽管在课程标准中有很好的教学评价建议，但在现实环境下面，在很大程度上都变成了一种理想，变得难以操作。三维一体的课程目标是这次课程改革的最大亮点，但是过程与方法、情感态度价值观这两个维度要在终结性的纸笔测试中得到准确的测量是十分困难的，这是两个形成性的目标，形成的质量如何只能表现在具体的形成过程中，当然我们的任课教师对这种形成性的质量应该也是心中有数的，他们有条件、有能力给出每一位同学在这两维目标上评价，然而由于目前整个社会信用的严重缺失，使人们普遍认为只有集中划一的纸笔测试所得到的评价才是真实的和可信的。于是便出现了可相信的做不到，而做得到又不可相信这样一个教学评价的死胡同。很典型的例子是现在的自然科学中考实验操作考试，理科实验教学的重要性是无庸置疑的，它是培养学生实际动手能力的重要途径，更是对学生进行科学方法、科学态度和精神教育的有效载体（从创新教育的角度来衡量，后两项功能似乎更加重要），因此理科的实验评价应该立入中考，然而采用大规模、集中性的实验操作考试，所能评价的仅仅只是学生的动手操作技能，对科学方法、科学态度和精神的评价无能为力，如此评价的意义被大打折扣。
教学评价的滞后已经成为推动广大教师积极投身改革的最大障碍，成了整个课程改革的最大瓶茎，不过好在目前大家都已认识到这一问题的重要性和紧迫性，不久也将会出台一个具有操作性的新课程评价方案，省教研室以及其它一些很多相关部门也正在着手进行相应的课题研究。同时，更希望广大教师能更加深刻地领会本次课程改革的整体背景，真正站在民族和国家发展的角度，全身心地投入到本次课改中去。
2．能力问题。这是一个受教师自身因素主导的问题，而这个问题存在于教学的各个环节上。
2．1对学生学习方法的改变存在理解上的偏差。新课程强调学生学习方式的改变，强调自主、合作、探究，有的教师就认为所有的课都应该有学生的讨论，所有的知识都应该由学生自己发现，教师告知学生现成的知识就是与新课程理念相悖。
现代科学研究必然是个合作的产物，小农经济式的单打独斗将很难成功。我国为何一而再、再而三地错失在SARS研究中的黄金机遇，从锁定病原体到测定病毒基因组序列，中国科学家本来都可以拿到世界第一。之所以最后都败给了国外的竞争者，美国《科学》杂志分析说，部分可归因于缺乏协调与合作以及不敢挑战权威。当时就连中国疾病预防控制中心（CDC）这样的政府权威机构要病毒也不容易，有人竟然说，把病毒灭活了再给CDC，他们即使拿到病毒也做不出来。就象把种子煮熟了还能种出什么东西来，别说合作意识了，连起码的科研道德都没有。现在全国上下，从学校、医院、科研机构、生物制品公司都在铆足了劲做SARS病毒的疫苗，据说全国共有200余家单位参与到了这场SARS疫苗研制的竞赛中，但是“各自保密，分别使劲”。在不能形成合力的同时，也带来了大量的重复与浪费。
因此新课程在提出改变学生学习方式的时候，非常强调合作学习，但是很多教师因为没有把握自主、合作、探究这种学习方式的真正要义和精髓，自主、合作、探究学习追求形式的多，实际效果差。究竟怎样合作？首先是要有分工，要有一个适合于探讨的问题，而且是所有的学生都要参与进来，每一个人都要有独立思考，不是每一个人做同样的事情，而是为解决共同的问题，每一个学生做不同的事情。自主、合作、探究，好像是孤立的，实际上是在合作中探究，在探究中合作，两者是结合在一起的。但目前我们所看到的小组合作学习现状是：在大班额的背景下，按四人一小组计算，一个班有十多个组，教学中教师的指导往往顾此失彼。常常是教师一宣布小组讨论，前排同学唰的回头，满教室都是瓮嗡声，谁也听不清在说什么。几分钟后，教师一声“停”，学生马上安静下来，就象被声控的机器。而站起来发言的同学一张口仍是“我怎样怎样看”；“我觉得应该如何如何”，而不是“我们小组如何如何”，根本没有小组讨论的成果，学生关注的依然是我自己。也有同学发言时用“我们小组怎样怎样的”，但是发言的内容其实是他个人的意见。很显然，这样的小组讨论只是一种形式，合作学习与独立思考没有能够有效的融合，表现出只有独立思考没有合作学习，如发言的学生，这样的学生往往是一些基础好的；相反那些学习困难生则只有合作没有独立思考，讨论时只会听取别人的意见，于是加速分化。另外，在合作学习的组织上，也经常会出现两种不理想的局面，一是由于合作学习的内容或相关情景的创设不到位，学生的学习情绪调动不起来，讨论合作出现冷场，相反，当学习内容富有吸引力时，大家过于兴奋，人人争着发言，甚至吵成一团，于是讨论内容离题万里，此时教师只好板起面孔，把有点失控的气氛遏止住，如此潮起潮落，教师筋疲力尽。
因此许多课从表面上看学生是动起来了，小组合作学习也开展起来了，学生也都参与了，课堂气氛也很活跃，但仔细观察便会发现，这些课只停留在形式上的热热闹闹，为活动而活动。学生的思维深度不够，学生缺乏实质性参与，合作学习的价值没有体现出来。导致的结果是传统的东西没有了，新的内容又没掌握。如果把自主、合作、探究形式化、绝对化，把探究变成一种模式，变成机械、刻板的操作。这样做实际上是把新课程的理念简单化，是机械套用。究竟需要不需要合作？值不值得探究？教师缺少深刻的思考。
合作学习也好，探究学习也好，关键要看学生参与的状态，也就是对学习投入的情感与态度的品质以及思维的深刻性上。一味追求表面形式，反而会远离新课程的要求。
2．2对课程教学目标存在把握上偏差。譬如观察蜗牛这节课，主要的教学目标并在于要学生弄清蜗牛的生活习性、形态结构和各种感觉功能，蜗牛的这些知识并没有多少实际价值，但很多教师在处理中并没有意识到这点，不知道教材安排观察蜗牛而不是其他的什么动物，原因只是蜗牛是一个很适于观察的载体，蜗牛能够运动但又比较缓慢，同时拥有比较丰富的感觉功能，所以本节课的目标不在于观察蜗牛，而在于怎样观察蜗牛，要知道观察和实验是学习科学最基本的方法。对教学目标把握的偏差比较多的还是表现在对课程三维一体的目标整合上，过于强调认知目标。
而与此相反，不少人却以为新课程不再重视认知，不再需要“双基”了。其实，新课程不是不要“双基”，而是以一种全新的视野去审视“双基”。首先，基础知识和基本技能的界定应在于它的基础性和发展性。譬如培养学生搜集信息和处理信息的能力、获取新知识的能力、分析和解决问题的能力，使学生具有学习的积极性、主动性、创造性等，都是应当打好的基础。其次我们要研究的是用什么样的方法为学生打好基础，采用填鸭式死记硬背的方法，是不可能获得这样的基础的。对此，要防止两种倾向：一种是只重结论，忽视过程；另一种是只重过程，忽视结论。不能一个倾向掩盖另一个倾向，不能走向忽视知识技能的极端。探究性学习并不是只重过程而不重结果，应当全面领会《基础教育课程改革纲要》所提出的“改变课程过于注重知识传授的倾向，强调形成积极主动的学习态度，使获得基础知识与基本技能的过程同时成为学会学习和形成正确价值观的过程”，处理好“三维目标”的关系。强调“同时”，就阐明了“双基”和“形成积极主动的学习态度”、“学会学习”、“形成正确价值观”的辩证关系。
教师要能够比较好地处理好“三维目标”的关系，在教学方法上首先必须处理好继承和发扬的问题，要知道接受学习也可以是主动的，有意义的，这就是有意义接受学习的。不少教师在有意义接受学习的教学能力上还需要进一步提高。譬如在学习过程中，学习者的原有经验是十分重要的，这些经验不仅包括学生在学校所学的系统知识，而是指学生全部生活经历的积累，其中包括大量非结构性的经验背景，这些经验构成了学生学习新知识的基础。许多教师对学生的这种经验以及他们的思维能力和和所谓习惯把握不准，从而影响对教学重难点的把握，因此在可不讲、可少讲的，教师滔滔不绝，需要仔细交代、认真引导的却惜字如金。如关于质量的概念，学生的生活经验使他们普遍具有顽固的质量就是重量、重量就是质量的生活经验，在没有打破这一错误的前概念的情况下，急于给他们一个科学的质量概念没有任何作用。而在大部分课堂上，教师普遍低估学生的认知水平和思维能力，对学生总是不放心。学生能完成的任务，应放手让学生去完成，一时不能完成的，应想办法让学生去完成，而不是教师代替或包办。在课堂上经常可以听到“上节课讲了…，这节课我们讲…”，“刚才我们讲了…，接下去我们讲…”衔接转换用语，完全是教师的思路、教材的思路，没有任何的情景创设和知识逻辑上转换和联系，特别是从学生的思维水平和思维习惯上来进行创设和建立联系，而这是实现有意义接受式学习的基本条件。
2．3对课堂的教学秩序存在要求上的偏差。对课堂的教学秩序没能根据教学的具体形式和目标要求给予恰如其分的调控。新课程倡导让学生动起来，让课堂活起来，然而真正要做到这一点，却不是一件容易的事。有的教师“千呼万唤”，学生就是不动。可当学生真地动起来后，新的担心又产生了──课堂热热闹闹，该讲的未讲清楚，该听的未听清楚，纪律难以控制，教学任务难以完成。实际上只要是学生在思考和体验，必然伴有丰富的情感、情绪的变化和丰富的语言动作，教师不应把这看作是妨碍教学，以纪律为名去强行抑制。有一幅漫画，一只大青蛙在给小青蛙们上课，内容是如何捕捉昆虫，方法一、二、三，小青蛙们在下面坐得很端正，听得很认真。突然一只飞虫从窗外飞来，一只小青蛙马上跳起来去捕捉这只飞虫，于是大青蛙大怒，一声断喝“给我出去”。而此时那小青蛙实际上正是全身心地投入到了关于捕虫的这一教学活动之中。
当然，为了保证教学活动有效进行，课堂确实需要纪律，实际上合作学习也好、探究学习也好，本身都应该是一个有序的过程，一个吵吵嚷嚷、秩序混乱的课堂，很难保证这些教学活动的完成。譬如用掌声刺激观察蜗牛的听觉，因为无序，教室里的掌声此起彼伏，活动肯定是失败的。因此在放手给学生活动的时候，教师有何作为，什么时候介入，介入到什么程度如何都是十分重要的。由此可见，改变教学方法和学习方法不能简单化。这就要求教师既要放得开，又要收得拢。怎样放，怎样收；什么时候放，什么时候收，都应心中有数。如此方能使课堂动静结合，收放适度，动得有序，动而不乱。
2．4对教材的地位、作用存在认识上的偏差。首先一个标准多个版本的教材，就说明任何一种教材都不能成为我们设计和开展教学的的唯一依据，教材只是一本材料或一种资源，甚至是一种帮助学生学习的工具。使用新教材以后，教师不必完全忠实于现有课本，新课程标准鼓励老师大胆地质疑。但是很多教师仍然带着很大的惯性来认识教材。以本为本，将课本当圣旨，将教材作为组织教学的唯一依据，不敢对教材进行大胆的裁剪和处理。教材中的每段话、每个句子甚至每个字都不敢动，甚至包括它的顺序安排。而实际上教材中的知识呈显方式与学生的认知习惯和方式是不完全相同的，比如教材在很多地方都采用演绎的方式来展开的，而学生的认知过程往往是先要有具体的事例，然后从中归纳出相应的概念或原理。对教材的处理不够自主、能动，更有很多教师被各种各样的所谓配套练习牵着鼻子走。
在教材的使用上也有问题，学生边听讲边看书已然成为教学的常态，结果课听得三心二意，书看得也三心二意，尤其是这样的学习方式会影响学生的思考，时间一长，形成依赖，教师一提出问题，不是先在头脑中思考，而是马上到书本上去寻找答案。特别是在带有探究性的教学中，探究的结果在书本上都一目了然，还要进行什么探究。边听讲边看书代替了边听讲边思考，对学习质量必然产生严重影响。当然，这不是说上课时可以把课本扔掉，只是听课和看书在大部分时间里要分开进行。该看书时（科学课中适于并且可以通过看书自学完成教学目标的内容很多），教师只要提出看书目标和要求后，可以把时间放给学生。
2．5对问题教学与问题情景存在创设上的偏差。无论是从学生知识建构的角度需要，还是从调动学生的非智力目的出发，问题都应该成为我们组织教学的前提并贯穿教学始终的主线，教学过程应该成为学生发现问题、提出问题、分析问题和解决问题的过程，很多课堂在这方面做得还很不够。首先是简单无意义的问题太多，问题过于简单或直接，缺乏思考性，学生不假思索就能够脱口而出，这样的提问流于形式毫无意义。同样是观察蜗牛一课，开始引入的问题是“大家喜欢生物吗？今天我们桌上放得是什么生物？”而当地正是白玉蜗牛的养殖基地，养殖蜗牛是当地一项很重要的产业，为什么不从这方面入手，而这也正好体现STS的教学要求和思想，而学习蜗牛的有关知识显然可以帮助他们更好的养殖蜗牛，由此可以调动学习的积极性。其次，教师尽管重视问题的设置，但考虑的只是我教师如何向学生提问，学生的任务只是回答问题，因此教师提问题多，学生提问题少（实际上几乎就没有）。要知道“最精湛的教学艺术，遵循的最高准则就是让学生自己提出问题”。说明教师缺乏有效的情景创设，也就是能够引起学生认知冲突的情景太少。再者是对问题的处理上不到位，真正有思考性的问题，不舍得放时间给学生充分思考，急于给出答案，惟恐完不成教学任务；而一当学生回答出现错误时，又急于纠正。实际上学生的任何错误总是有一定的原因的，而这种原因对学生来说又往往是很顽固的，不给予充分暴露和有效解决，学生往往还会重犯。
2．6对教学技术的选择和使用存在操作上的偏差。技术一定要为教学服务，目的在于更好地实现教学目标，不能本末倒置，不能被技术牵着走。所以教学的辅助媒体不是越多越好，也不是越先进越好，这是新课程实施中的两个不良倾向。用一种媒体能够达到教学效果的，就没有必要用两种或更多，常常出现因媒体过多而使得教师在上面手忙脚乱、学生在下面眼花缭乱，这种情况在一些公开课中尤其普遍。而用基本的、简单的媒体能够完成任务的就没有必要选择先进的、复杂的媒体来取代，简单、节约是使用媒体的一个原则。
我们常说“生活即科学”，生活当中处处存在科学，但是，在我们的科学课堂教学中却很少看到学生生活中的科学，教师们习惯的是用“实验室中的科学”、“多媒体上的科学”。譬如在声音的传播一课中，教师为了说明固体也能转变声音，又是土电话的演示（要知道为每个小组制作一个土电话费时又费力），又是用多媒体展示如何听到远处的马蹄声和火车声，这些情景对现在的学生来说都是那么的陌生、遥远，可实际上只要让每个学生将两耳塞住，听听自己的声音，不就很好地解决了这个问题。
总之，教育体制改革是一个较为庞大的系统工程，故而实施起来也绝不可能一蹴而就。面对实验中的问题，需要我们一起不断研究、思考，寻找对策。教学本身就是一项创造性的工作，而新课程的实验更需要我们每个人的不断创造。