日前，财政部部长楼继伟在向全国人大常委会所做的报告中指出，全国财政科技支出从2006年的1688.5亿元提高到2012年的约5600.1亿元，年均增长22.73%，7年累计2.42万亿元，占同期全国财政支出的4.37%。
科研经费投入逐年递增，然而经费的管理和使用却并不如人意，其中暴露的腐败问题触目惊心。一些学者争抢课题、项目的目的，已经不是为了开展研究，而是通过申请课题“致富”。中国科协进行的一项调查显示，在一些高校和研究机构，科研资金用于项目本身仅占40%左右，大量科研经费流失在项目之外。
“新华视点”记者近日梳理近3年国家各部委、各省份数百份年度审计报告发现，科研经费被“贪”、“吞”、“挪”、“骗”屡见不鲜——大到发放工资、福利、建经济适用房、购买汽车，小到充饭卡、交电话费，甚至重复报销车票，在一些已曝光和查处的科研腐败案例中，科研经费几乎“无所不能”，如，2010年至2012年，交通运输部在没有细化人员经费范围和标准的情况下，从其管理的543项科研项目的15.56亿元预算总额中安排人员经费1.86亿元，主要用于人员工资及补贴支出。另据中国青年报今年7月报道，浙江大学教授陈英旭被指控授意其博士生陆续以开具虚假发票、编造虚假合同、编制虚假账目等手段，将1022.6646万元专项科研经费套取或者变现非法占为己有。
有评论指出，科研经费腐败已不是某一个环节出了问题，“吃经费”成了一种内生的潜规则，整个学术生态都发生了异化，从立项、审核、审批到经费拨付以及项目的验收和等，每个环节都无一幸免。
2010年9月，饶毅和施一公两位科学家联合在《科学》杂志上撰文，专门讨论目前中国的科研基金分配体制问题。“小项目大评审、中项目少评审、大项目小评审”——一些重大战略性项目的决定和巨大资金分配，在未经全面讨论与辩论前就已“内定”，加之科技项目从决策立项、执行到监督常常“一手包揽”，催生出科技领域一系列怪现象。一些院士和专家也认为，各级行政管理人员对科技立项，有实质性决定权。科技评价缺乏真正的学术评价，专家评审机制越来越流于形式。
《第二次全国科技工作者状况调查报告(2009)》显示，在申报过财政支持科研项目的科技工作者中，41.8%的人认为财政项目申报过程中存在“拉关系、走后门严重”的问题，38.4%的人认为存在“审批程序不透明”的问题。
全国、民革吉林省委专职副主委郭乃硕表示，畸形文化盛行的背后是刚性制度的缺失。虽然大多数科研经费使用单位都制定了一整套经费管理制度，但由于种种原因得不到有效执行。我国还没有统一的针对科研经费管理的财务制度和会计制度，这也给科研经费管理带来了很大难题。
财政部财政科学研究所研究员刘军民认为，我国科研经费管理制度存在六大问题：一是对承担科研项目的科研工作者人力价值补偿不足；二是间接成本补偿机制有待完善；三是预算合理性、真实性不足，往往流于形式；四是科研经费内部监督制衡机制不健全；五是预算及使用的僵化亟待改变；六是科研项目和经费管理存在“结题不结账”，导致了大量的账面资金被闲置。
“新华每日电讯”在4月1日的报道中称，一般说来科研经费直接与课题项目挂钩。一项课题的经费从几千元到几百万元不等，一些国家、国际重点课题，立项之后经费更是源源不断。立项单位的钱是放出去了，至于项目负责人何时花、怎么花，基本上不闻不问，更奢谈监督检查。只是在结题审查上，看看发表了多少论文、有没有核心期刊的、缺不缺专家鉴定等。这就导致了课题责任人实地调研能少就少，科学实验能取消就取消，从而造就了“结余大量经费”、可以啃“唐僧肉”的土壤。
当然，不能忽视的还有科研工作者本身法律意识的淡漠。北京市海淀区人民检察官张小兵感慨，一些涉及科研腐败的教授“根本没想到这是严重的犯罪行为，只有走上法庭时才追悔莫及。那些不是有意贪污侵占的教授，如果早接受一些警示教育，肯定不会这么干了。”
如何有效遏制科研经费腐败，让“好钢用在刀刃上”？北京市海淀区人民检察官杨秋波认为，首先还得立好规矩、定好制度。我国目前还没有一部关于科研项目立项、审批、经费使用、责任的系统法律。立法的缺失，直接导致科研项目管理的混乱，呈现出“政出多门、各自为政”的局面。而管理制度的不统一造成不同科研单位管理规定不协调甚至冲突。
媒体评论员吴龙贵指出，治理科研经费腐败，一是要放权，即改革学术体制，打破行政主导科研资源分配的模式，实行学术本位管理。二是要收权，即加强对科研经费的，完善管理体制，使每一笔科研经费的审批和使用情况都明明白白。三是改变当下科研成果的评价机制，由重量转为重质。
10月26日，科技部部长万钢表示，科技部将建设一个向全社会开放的国家科技报告制度和创新调查制度。对于科研经费项目，反对多头部署、重复支持，“科研经费管理要置于全社会监督之下”。