今天的锡伯族主要分布于我国的东北地区与新疆一带，而这种分布格局与历史上锡伯族的迁徙密不可分。在清代，由政府主导的锡伯族大规模的迁徙有两次：一是西迁，从东北迁到新疆驻防；还有一次是南迁，发生在西迁之前，这次迁徙对锡伯族同样影响深远。
明末清初时，锡伯族隶属于蒙古科尔沁部，这种隶属关系实际上是奴役与被奴役的关系，锡伯族要对科尔沁蒙古纳贡服役。据《黑龙江将军衙门满文档》记载：“锡伯等系科尔沁之奴，为科尔沁纳贡服役，不堪生存。”由于受到科尔沁蒙古统治者的盘剥压榨，锡伯族群众已经处于“不堪生存”的地步。
16世纪后期，锡伯族参加了由叶赫、哈达、辉发、乌拉、科尔沁、卦尔察、珠舍里、讷殷等部组成的九部联军，于明万历二十一年(1593年)九月对建州女真努尔哈赤部发起了进攻，结果努尔哈赤部以少胜多，击溃九部联军，这就是历史上有名的“九国之战”。锡伯族与科尔沁蒙古败回嫩江，此后，一些锡伯族人开始进贡方物归附后金，受到了后金统治者的礼遇和重用，但绝大多数锡伯族仍在科尔沁蒙古的统辖下。
后金天命十年(1625年)，科尔沁蒙古归附了努尔哈赤，锡伯族也随之归附了后金，并随同科尔沁蒙古被编入“蒙古八旗”。锡伯人在编入蒙古八旗后依然处于被科尔沁蒙古奴役的地位，要纳贡服役。同时，还要担负清政府的各种差役，受到双重役使与剥削。
康熙三十一年(1692年)四月，锡伯族的命运发生了重大的转折。这一年，在清政府的要求下，科尔沁王等将其所属的锡伯人全数“进献”给清政府。此后，锡伯族被编入由皇帝直接控制的满洲八旗的上三旗，即镶黄、正黄、正白旗，并被移居驻防至齐齐哈尔、乌拉吉林(今吉林市)、伯都纳(今吉林省扶余县)3处，隶属于黑龙江将军和吉林将军。之后过了7年，锡伯人又被南迁盛京(今沈阳)及京师等地。
清政府南迁锡伯族，首先是加强盛京及东北边防的需要。东北地区是满洲兴起之地，历来受到清统治者重视，加之这一地区又常受到沙俄侵扰，所以清政府更是不断加强对东北的军政建制及管理。康熙帝玄烨在位期间曾到盛京及东北巡查3次，第三次东巡是在康熙三十七年(1698年)，而南迁锡伯族就发生于这次东巡的第二年，与康熙此次东巡有直接联系。
巡查东北时，在检阅了当时东北的驻防八旗后，康熙大怒，下谕道：“盛京、乌拉官兵，不知法度，不象围猎之兵。将军惧于诸协领、章京而不管束，协领、章京惧于兵丁而不管束，风气极坏……”他认为东北的驻防八旗军纪不整，风气败坏，官员不能管束兵丁，兵丁多不训练，急需进行整顿。大清定都北京后，东北满族大部“从龙入关”，清政府还不断从东北抽调满族官兵驻守全国城镇要塞，致使盛京兵源不足，兵力单薄，不得不使用懦弱之辈及家奴披甲。因此，要想护卫京师、防御沙俄，必须整顿东北防务、充实盛京兵力。
其次，分而治之是清政府民族政策的一部分，将锡伯族南迁，有利于加强对其的控制与管理。锡伯族虽然由蒙古八旗编入满洲八旗并调入齐齐哈尔、伯都纳等城驻防，但他们生活的区域并没有太大的变化。随着社会的稳定和经济的发展，锡伯族人口不断增多，势力也逐渐增强。清政府将锡伯族迁往盛京及北京等地，就是为了分而治之，加强对锡伯族的控制和统治。黑龙江将军衙门档案中就记载有：“锡伯、卦尔察原系科尔沁之奴，皇上以伊等为满洲，恻然垂佑，不惜出钱粮，支银数十万两，由科尔沁赎出……锡伯、卦尔察等，本应仰副皇上加恤赎出、披甲安置、希翼各得生计之至意，奋勉行事。伊等懦弱而无礼，劣迹极多。”黑龙江将军萨布素在处罚锡伯族佐领阿木呼郎等旷误防哨时也指出：“此项锡伯人，自编牛录，设官披甲，供食俸以来，已有五六年，竟至今不遵法令。伊等系特令坐卡、查拿盗贼之人，竟如此旷误防哨，甚属可恨。此等之罪若不严加惩处，则不能使锡伯、达斡尔官兵倾服法令，难以管教操练。”当时，齐齐哈尔等处的地方官员难以控制锡伯族士兵，以致不断出现劫盗等案件。清政府将其迁徒，也是为了进一步加强对他们的管理。